บ่อน้ำมนต์ศักดิ์สิทธิ์สมเด็จพุฒาจารย์ (โต พรหมรังสี) ได้สร้างขึ้นไว้ที่วัดอินทรวิหารแห่งนี้  ตามประวัติเล่ากันว่าครั้งที่สมเด็จพุฒาจารย์ (โต พรหมรังสี) กำลังสร้างพระพุทธรูปปางอุ้มบาตรนั้น มีลูกศิษย์จากทั่วประเทศมาหขอน้ำมนต์จากท่านเป็นจำนวนมาก  ท่านจึงสร้างบ่อน้ำมนต์แห่งนี้ไว้เพื่อสงเคราะห์ลูกศิษย์ 

บ่อน้ำพระพุทธมนต์นี้เป็นที่ประดิษฐานองค์สมเด็จพุฒาจารย์ (โต) ขี้ผึ้งจำลองนั่งสวดมนต์ที่หน้าบ่อ และภายในบ่อมีน้ำพระพุทธมนต์จากที่อื่นอีก 381 แห่ง รวมทั้งแผ่นยันต์ 121 พระคาถา ที่ทางวัดเคยขุดพบใต้บ่อแล้วนำขึ้นมารวมกันไว้ในบ่อ บ่อน้ำมนต์แห่งนี้ในแต่ละวันจะมีประชาชนมานั่งสวดพระคาถาชินบัญชร และนั่งสมาธิกันเป็นจำนวนมากทุกๆวัน